凈資產收益率作為一項財務指標，雖然有一定的考核作用，但也有著明顯的缺陷。
第一，凈資產收益率的計算，分子是凈利潤，分母是凈資產，由于企業的凈利潤并非僅是凈資產所產生的，因而分子分母的計算口徑并不一致，從邏輯上是不合理的。
第二，凈資產收益率可以反映企業凈資產（股權資金）的收益水平，但并不能全面反映一個企業的資金運用能力。
道理十分明顯，全面反映一個企業資金運作的整體效果的指標，應當是總資產收益率，而非凈資產收益率，所謂總資產收益率，計算公式是：凈利潤÷資產總額（負債十所有者權益）×100%。比較一下它與凈資產收益率的差別，僅在于分母的計算范圍上，凈資產收益率的計算分母是凈資產，總資產收益率的計算分母是全部資產，這樣分子分母才具有可比性，在計算口徑上才是一致的。
第三，運用凈資產收益率考核企業資金利用效果，存在很多局限性。
（1）每股收益與凈資產收益率指標互補性不強。
（2）以凈資產收益率作為考核指標不利于企業的橫向比較。
（3）考核凈資產收益率指標也不利于對企業進行縱向比較分析。
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